Metitsilliiniresistentne Staphylococcus aureus (MRSA) on haiglas omandatud infektsioonide sagedane põhjus, kusjuures suurim nakkuskoormus esineb alarahastatud haiglates. Kuigi genoomi järjestamist on MRSA leviku jälgimiseks varem kasutatud hästi varustatud kliinilistes tingimustes, pole ülekande dünaamika piiratud infektsioonikontrolliga seadetes teada. Täna veebis ajakirjas Genome Research avaldatud uuringus kasutasid teadlased genoomi sekveneerimist, et mõista MRSA levikut piiratud ressursiga haiglas, kus on kõrge ülekandekiirus.
Kahe Tai kirdeosa haigla intensiivravi osakonna (ICU) patsiente testiti kolmekuulise perioodi jooksul MRSA suhtes. Selle aja jooksul oli 46 patsiendi ja 5 töötaja test positiivne vähem alt üks kord (16% täiskasvanud ja 34% lastel). MRSA isolaatide geneetiline sarnasus välistas tavapäraste madala eraldusvõimega genotüpiseerimise meetodite kasutamise, et eristada ülekandumist ühelt inimeselt teisele. Seetõttu viidi kogu genoomi järjestamine läbi kokku 76 patsiendi isolaadiga, sealhulgas kuni kahe korduva isolaadiga patsientidelt, kelle MRSA test oli esimesel sõeluuringul positiivne. Ühelgi patsiendil ega töötajal, kelle MRSA-test oli positiivne, ei olnud infektsiooni sümptomeid, vaid nad olid pigem selle kandjad.
"S. aureuse kogu genoomi sekveneerimisel põhineva fülogeneetilise puu silmatorkav tunnus oli mitme erineva klade olemasolu," ütles vanemautor Sharon Peacock Cambridge'i ülikoolist ja Wellcome Trust Sangeri instituudist."See viitas sellele, et haiglas ringles korraga mitu sama päritolu klade."
Ühe aluse muutuste uurimine MRSA isolaatide genoomis võimaldas teadlastel järeldada kõige tõenäolisemaid nakatunud patsientide vahelise leviku teid. Edastusjuhtumeid täheldati intensiivraviosakonnas olevate patsientide vahel ning ka patsientide ja töötajate vahel. Need tulemused on vastupidised eelmisele Ühendkuningriigis läbiviidud uuringule, kus MRSA ülekandumine patsiendilt patsiendile intensiivraviosakonnas oli haruldane.
"Meie pikaajaline eesmärk on kasutada sellist teavet nakkuste tõrje tavade teavitamiseks, " ütles Peacock. "Uuringu käigus demonstreeritud leviku määr on otseselt viinud paremate kätehügieeni tavade esikohale seadmiseni uuringuhaiglas."
Genoomi järjestamine näitas ka, et MRSA-klaadid olid intensiivraviosakonnas kolmekuulise perioodi jooksul dünaamilised, kusjuures mõned kladid olid enam levinud uuringu alguses ja teised hiljem.
Ühelt MRSA-d kandv alt patsiendilt võetud isolaatide sügav sekveneerimine näitas, et kuigi kõik isolaadid olid samast klassist, olid nende vahel väikesed geneetilised erinevused, mis viitab bakterite mitmekesisusele ühes kandjas. See toetab täiendavat varasemat tööd, mis viitab sellele, et ülekandevõrkude mõistmiseks on vaja mõõta peremeesorganismi bakteriaalset mitmekesisust ja traditsioonilisi "kinga-naha epidemioloogilisi" andmeid.
